北京军区总医院是北京最受欢迎三甲医院，以郭应禄院士为泌尿外科专家组组长，作为享誉全军的精品科室，拥有泌尿系肿瘤、肾移植、前列腺疾病等多个专业男科治疗中心，服务京城，服务百姓。
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的大型三级甲等综合医院，是北京协和医学院的临床学院、中国医学科学院的临床医学研究所，是卫生部指定的全国疑难重症诊治指导中心之一，也是最早承担干部保健和外宾医疗的医院之一。医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。
北京大学人民医院，是中国人自行筹资建设和管理的第一家综合性西医医院，创建于1918年，最初命名为“北京中央医院”，中国现代医学先驱伍连德博士任首任院长。
首都医科大学宣武医院创建于1958年，是一所以神经科学、老年医学的临床与研究为特色，承担着医疗、教学、科研、预防、保健和康复任务的大型三级甲等综合医院，是新中国神经病学的初创基地之一。本院是培育我国神经病学医生的摇篮，受卫生部委托，承办全国神经外科/神经内科/神经放射医师进修班。全国显微神经外科、神经介入放射和神经病理培训基地也设在这里。
首都医科大学附属北京朝阳医院创建于1958年2月24日，是北京市卫生局直属医院，是集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等医院，是首都医科大学第三临床医学院，也是北京市医疗保险A类定点医疗机构。2004年年底，中铁建总医院正式划转北京市并入我院，正式命名为北京朝阳医院京西院区。我院是2008年第二十九届北京奥运会定点医院。
首都医科大学附属北京中医医院始建于1956年，是北京市唯一的一所市属综合性、现代化三级甲等中医医院。承担着北京市中医医疗、教学、科研、预防等任务。医院下设北京市中医研究所、北京市国际针灸培训中心。
北京地坛医院（原名北京第一传染病医院）始建于1946年，是卫生部疾病预防与控制中心、北京市卫生局共建单位、三级甲等医院，北京大学医学部50余年的教学医院、北京中医药大学教学医院，中医药治疗艾滋病临床基地和免费治疗艾滋病定点医院，传染病专业硕士及博士生培养点。国家肝病、艾滋病临床药物验证基地、卫生部艾滋病综合防治示范区临床进修基地、国家中医管理局中西医结合传染病临床基地、北京市卫生局病毒传染病防治研究中心、北京市艾滋病临床研究中心也设在地坛医院。医院主要承担除结核病以外37种法定传染病的诊治任务。
明嘉靖四十三年，在北京城西南取 “安宁、安定”之祥意建右安门。建国初期，彭真市长亲临规划始建北京第二传染病医院，其建筑规模及学科设置为亚洲之首。1989年亚运会前夕，更名为北京佑安医院。1997年被卫生部获准为三级甲等专科医院。2003年成为首都医科大学附属北京佑安医院、首都医科大学第九临床医学院并设有北京市卫生局肝炎研究所及北京市性病艾滋病临床诊疗中心。