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温州市妇幼保健院分临床部和保健部两大功能块。临床部由妇产科、新生儿科、儿科、温州市儿童听力诊断和治疗中心等组成，按照妇产科医院的构架进行建设和发展，设有妇科、产科、温州市生殖健康保健中心、温州市计划生育指导中心、妇科微创诊疗中心、宫颈疾病诊疗中心及母婴健康保健中心；妇科和产科各有三个病区，总共230张床位，设有妇科肿瘤、妇科微创、计划生育、不孕不育和生理产科、病理产科等二级专科，经市卫生局批准承担着温州地区危重孕产妇的抢救任务。保健部由妇女保健科、儿童保健科和信息宣教科组成。