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福建医科大学图书馆现由上街校区图书馆、台江校区图书馆、四所直属附属医院（附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、附属口腔医院）分馆三个部分组成，总建筑面积2.8万平方米，馆藏总量150万册。其中，纸质馆藏79.2万册，数字馆藏95.8万册。已形成以现代医学和生物学科为主、以人文社会学科为辅的具有本校特色的馆藏体系。福建医科大学图书馆内部管理机构设有办公室、采访编目部、流通部、期刊与检索部、技术部、医学文献检索教研室、图像技术部等部门。图书馆面向全校读者（含附属医院读者）提供数字化文献信息服务，所有数字资源网上24小时开放服务。两校区图书馆提供书刊借阅、音像制作、文献复制、远程传递、检索查新、参考咨询等业务服务，以及医学文献检索教学和学报编辑、出版、发行。同时开展读者辅导讲座，在职继续教育培训，特色数据库建设，学术研究活动，以满足各层次读者需求。