赣南医学院第一附属医院创办于1958年,隶属于赣南医学院和江西省卫生厅双重领导,是赣州市唯一一所集医疗、教学、科研与预防保健为一体的省级大型综合性三级甲等医院,是国家卫生部指定的国际紧急救援中心网络医院,卫生厅批准的“江西省尿路结石现代治疗中心”,中澳防盲项目在赣州市唯一指定的白内障复明手术培训中心,赣州市交警支队指定的交通肇事急救医院,赣州市120急救中心医院,赣州市城镇职工基本医疗保险定点医院和赣州市新型农村合作医疗定点医院。
赣南医学院第三附属医院(第三临床医学院)原南昌铁路局赣州医院,创建于1996年7月,是江西省目前唯一独立设置普通本科西医院校—赣南医学院直属附属医院之一。是一所学科齐全、技术力量雄厚,集医疗、教学、科研于一体的全民所有制非营利性自收自支的综合性医院。