医院于1958年由解放军南京军事学院附属医院、解放军第四十一医院和解放军第三一五医院抽组人员组建而成。先后隶属解放军总医院和总后勤部领导。解放军309医院隶属于总后勤部的一所师级三级甲等医院,1998年继续担负第四军医大学、北京医学高等专科学校的实习任务,保持着国家爱婴医院、首都文明单位、花园式单位的称号。
北京309医院是京城一家高起点、高标准、高品质,技术力量雄厚,医疗 设备先进,专家队伍权威的国际化专业医疗机构。医院开展妇科炎症、宫颈糜烂 、无痛分娩、无痛人流、不孕不育等治疗诸多世界性疑难疾病,权威的专家团队致力于妇产科疾病的研究与治疗,是北京乃至中国最好的三级甲等医保定点医院。