南京医科大学
南京医科大学是江苏省属重点高校。学校创建于1934年，时名江苏省立医政学院，是国内最早开展研究生教育的高等学府之一。1957年，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。
南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院（又名南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院）是江苏省卫生厅直属三级甲等综合性医院和南京医科大学临床教学基地；是卫生部消化内镜诊疗培训基地和卫生部全科医师培训基地。
南京医科大学第二附属医院妇产科
南京医科大学第二附属医院妇产科拥有较强的临床、科研、教学实力，拥有一支医德高尚、医术精湛、力量雄厚、临床经验丰富的人才队伍。妇产科是南京医科大学硕士学位点，参与临床医学院、儿科医学院、康达医学院、成人教育学院、护理学院的教学工作。每年有多名省内外的进修医生在我科接受培训。
南京医科大学附属脑科医院
南京脑科医院，又名南京医科大学附属脑科医院，始建于1947年，前身为卫生部南京精神病防治院，是我国第一所国立神经精神病专科医院，被誉为“中国神经精神科医师的摇篮”。医院历经60几个春秋，由建院初期的60张床位，近百名员工，逐步发展到现在拥有近千张床位，千余名员工，云集一大批全国及省内知名专家，集神经、精神疾病医疗、康复、预防、教学和科研为一体的三级甲等专科医院。现为江苏省精神卫生指导中心，是江苏省唯一一所三级甲等神经精神病专科医院。
南京医科大学附属眼科医院
南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的融医疗、教学、科研于一体、与国际接轨的高精尖眼科专科非营利性医院，是江苏省公费医疗、南京市公费医疗及江苏省、南京市城镇职工和居民医保定点眼科专科医院，为江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，南京医科大学硕士生培养基地，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室。
南京医科大学附属常州第二人民医院
常州市第二人民医院是南京医科大学附属医院，地处市中心，是一所科室设置齐全，医技装备精良，技术力量雄厚，服务质量上乘，集医疗、科研、教学一体的三级综合性医院。
南京医科大学第三附属医院
南京医科大学第三附属医院（原仪化集团公司职工医院、省属红十字医院、爱婴医院），是集医疗、教学、科研、预防、保健为一体的综合性医疗机构。医院为国家二级甲等综合性医疗机构。