中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心
中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心的前身为中国预防医学科学院所属卫生部艾滋病预防控制中心，成立于1998年7月，是经国务院批准的艾滋病预防控制专业机构。随着2002年1月23日中国预防医学科学院更名为中国疾病预防控制中心，卫生部艾滋病预防与控制中心更名为性病艾滋病预防控制中心（NCAIDS/STD），为中国疾病预防控制中心下属的一个二级单位，简称性艾中心。
中国疾病预防控制中心妇幼保健中心
中国疾病预防控制中心妇幼保健中心（以下简称妇幼保健中心）是中国疾病预防控制中心领导下的国家级妇幼保健专业机构，是全国性妇幼保健业务技术指导中心。妇幼保健中心以贯彻实施《母婴保健法》、《中国儿童发展纲要》和《中国妇女发展纲要》为核心，坚持"以保健为中心，以保障生殖健康为目的，保健与临床相结合，面向群体、面向基层和预防为主"的妇幼卫生工作方针。
中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所
中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所，前身为中央卫生研究院华东分院，1950年建于南京，1956年定名为中国医学科学院寄生虫病研究所，1957年与中国医学科学院海南疟疾研究站合并，迁址上海，1983年划归中国预防医学科学院领导。2002年1月23日更名组建为中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所。
中国疾病预防控制中心性病控制中心
1994年卫生部在中国医学科学院皮肤病研究所调整成立了全国性病麻风病控制中心，麻风病研究室作为该中心的一个科室，在卫生部、医科院和所院（中心）的领导下，承担全国麻风病防治研究工作技术指导和防治效果评价，健康教育，业务指导和培训，疫情统计，监测和麻风专家咨询委员会日常工作等。1998年5月所院进行了机构调整，原性病和麻风病研究室撤消，下设中心办公室、疫情监测室、防治室、康复室、健康教育室和中心实验室。
中国疾病预防控制中心精神卫生中心
2002年6月7日，卫生部批准中国疾病预防控制中心下设精神卫生中心，设在北京大学精神卫生研究所。2002年10月30日，中国疾病预防控制中心精神卫生中心在北京大学精神卫生研究所正式挂牌。
中国疾病预防控制中心麻风病控制中心
中国疾病预防控制中心麻风病控制中心（以下简称“麻风中心”）座落在江苏省南京市紫金山北麓，前身为1954年在北京成立的“中央皮肤性病研究所”（即现在的“中国医学科学院中国协和医科大学皮肤病医院（研究所）”，以下简称“医科院皮研所”），直属卫生部领导，重点承担指导全国性病防治任务。